TRT 1 ekranlarında yayınlandığı günden bu yana izleyicilerin ilgi odağı olan ‘Teşkilat’, 44. bölümüyle ekranlara geliyor.
Dizide Ceren'in ölümü başta Halit olmak üzere tüm ekibin dengesini değiştirir. Ceren’in, Halit Başkan’ın yıllar önce öldüğünü sandığı kızı olmasının ortaya çıkmasıyla Halit’in geçmişinde bir sayfa kapanır. Ancak Yıldırım’ı almak için ortaya yeni bir sebep daha çıkmıştır. Yıldırım’ın peşine düşen Halit’in bu yolda en büyük destekçisi Serdar olacaktır. Serdar’ın da Yıldırım’dan babasıyla ilgili öğreneceği şeyler vardır. Yıldırım’a ulaşmaya çalıştıklarında önlerine sürpriz bir isim çıkar.
Diğer yanda savunma sistemlerine karşı planlanan saldırı tehdidinin hala devam ettiği ortaya çıkar. Bu tehlikenin önüne geçmek için ‘Doktor’ kod adlı teröriste ulaşılması gerekmektedir. Doktor ve Yıldırım’ın hedefinde ise İstiklal Projesi’nin kahramanları vardır. Ekip dört bir koldan bu saldırıyı bertaraf etmeye çalışırken yeni bir tehlike onları beklemektedir.